原先的海关查验系统工作流程先海关放行再动检，如今是海关实施操控查验，也就是说先查验后放行，那样也许就会造成公司取货時间增加，且港区花费和滞箱费会提升。海关新一代查验系统软件，简易地说就是说将海关查验与海关查验系统合二为一，是做为“二步申请”和“每段准入条件”改革创新的推动基本。
新的查验系统软件关键步骤包含外置工作、当场查验、综合性处理、后置摄像头工作。总体海关查验系统工作包含查验命令下发、查验移箱工作、机检查验工作、人工服务查验工作、查验出现异常处理等五大控制模块作用。系统软件将原来的海关和海关查验系统重合工作阶段开展了提升融合，保持了海关与检验检测的一次操控和一次查验，另外该系统配置了事后处理的工作控制模块，能够 对异常现象归类开展事后处理等实际操作。
“机检+人工服务”查验是新系统软件中出現的一种查验方式。以往机检查验就是说海关运用大中型海运集装箱查验机器设备对海运集装箱装车货物开展扫描仪显像，根据图象具体分析实货与申请是不是相符合的查验方式。因过去海关实施的机检查验不用拆箱查验，在海关与检验检测的查验工作中合拼后，针对检验检测的查验，则务必对一部分货品实施拆箱查验。因而，海关针对该类查验实施预置命令，也就是说对被操控的货物一部分海运集装箱将会必须机检，一部分海运集装箱将会必须立即人工服务。自然，在海关根据机检查验的全过程中，觉得货物有走私货违反规定行为的，还可以再次转人工服务查验。
新查验系统软件实施后，公司应当留意海关的“”港口事中”和“到达站事中”的查验命令是不一样的。
“港口事中”命令是海关接口放行前实施的，关键对于安全性准入条件或税款风险性有关的货物查验，操控后，货物暂未予放行，单一窗口有查验通告，无放行信息内容，港区EDI系统软件有查验命令。可以在港区内的查验场所进行所有查验工作的，依照新一代查验管理方法系统操作手册及有关工作标准实施查验、受理查验办理手续。如没法在港区内的查验场所进行所有查验工作的，必须根据转换场地方式，保持查验分离，将货物迁移至港外的查验场所实施，在新一代查验智能管理系统备案查验結果、受理查验办理手续。
“港口事中”命令是海关接口放行前实施的，关键对于安全性准入条件或税款风险性有关的货物查验，操控后，货物暂未予放行，单一窗口有查验通告，无放行信息内容，港区EDI系统软件有查验命令。可以在港区内的查验场所进行所有查验工作的，依照新一代查验管理方法系统操作手册及有关工作标准实施查验、受理查验办理手续。如没法在港区内的查验场所进行所有查验工作的，必须根据转换场地方式，保持查验分离，将货物迁移至港外的查验场所实施，在新一代查验智能管理系统备案查验結果、受理查验办理手续。
“到达站事中”命令只对于進口货物，是海关放行后实施的，对于达标开盘主导的货物查验，操控另外，货物可接口放行。单一窗口接到放行信息内容，港区EDI系统软件沒有查验命令。公司可挑选前去到达站实施查验，也应向港口查验单位申请办理查验。针对仅命里“到达站事中”查验命令的货物，可在港口提离后，由公司自主运送至相匹配到达站，依照新一代查验管理方法系统操作手册及有关工作标准实施查验、受理查验办理手续。
这2个查验命令规定公司不可以出現申请不正确，特别是在是必须检验检测的货物，假如货物是必须去目地检测的，要恰当申请到达站检验检测行政机关，便于于命令能够 精确的派发到相对的海关查验单位。针对仅命里“到达站事中”查验命令的货物，可在港口提离后，由公司自主运送至相匹配到达站，联络到达站海关实施查验、受理查验办理手续。